이길여 암당뇨연구원은 운영위원회를 두고 연구원의 주요 사항을 심의 토의하고 있다.
운영위원회의 위원장은 이길여 암당뇨연구원장이 되며, 위원회를 대표하고 회의를 소집하여 회무를 통괄한다.
운영위원회는 기획부, 학술부, 연구부, 교육부, 시설부, 홍보부로 구성하며, 운영위원 중에서 각 부의 부장과 위원으로 위촉하여 각 부의 업무를 수행한다.
운영위원회는 운영위원 과반수의 출석으로 성립되며, 출석위원 과반수의 찬성으로 의결된다. 다만, 가부동수인 경우에는 위원장이 결정한다.

현재 운영위원회 각부의 위원 및 임무는 아래와 같다.