생명과학 분야의 괄목할 만한 발전과 현미경의 발달 사이엔 뗄 수 없는 중요한 관계가 있다
특히 공초점 레이저 주사현미경 (Confocal Laser Scanning Microscope: CLSM)은 레이저를 광원으로 하는 현미경으로 기존의 형광현미경에 비하여 이론적으로 1.4배 해상력이 월등한 영상을 얻을 수 있으며, 레이저를 사용하기 때문에 광 절편을 만들어 삼차원 영상을 관찰할 수 있으며, 생명과학분야에서는 살아 있는 시료를 대상으로 생리학적인 기능 연구에 대한 관심을 충족시킬 수 있는 필수적인 장비로써 생명과학분야에 없어서는 안될 현미경이다.

Confocal 현미경은 생체의 조직 내부의 삼차원 형상을 고해상도로 관측할 수 있게 되어 기초 의학의 발전에 지대한 공헌을 이루고 있다. 이밖에도 최근에는 HTS (High through put) 개념으로 많은 시료를 세포 수준에서 빠른 시간에 스크리닝 할 수 있는 기기로 개발되어 신약개발에 활용되고 있다.

공초점이란 한 점의 광원인 단일파장의 레이저를 조리개를 사용해서 시료의 초점과 맞지 않는 빛은 제거하고 초점과 일치하는 빛만을 검출기에 전달하는 기술로서, 레이저와 검출기가 하나의 초점을 공유하는 것이다.

공초점 레이저 주사현미경은 기존의 현미경과는 다르게 레이저를 광원으로 사용하여, 시료로부터 일정한 파장영역의 빛을 발광하도록 하며, 대물렌즈(Objective lens)를 지나 초점이 정확하게 맞는 빛 만을 검출기 조리개 (Detector aperture)로 분리한 후 민감한 검출기 (Photomultiplier tube: PMT)로 받아 디지털 신호화하여 컴퓨터로 전송하게 된다.

디지탈 영상을 구현할 때, 시료로부터 분산되거나 초점에서 벗어난 것들을 원래의 위치로 복원 (Resotoration) 하는 일련의 과정 중 Deconvolution 이란 방법이 있다. 대부분의 현미경들은 2차원 내에서는 정밀한 상을 얻을 수 있으나, 2차원 영상으로 3 차원 구조를 재 구성하게 되면 시료 내 빛의 분산과 초점을 벗어난 빛으로 인해 이미지 흐림이나 번짐 현상이 나타나게 된다. 이러한 이미지 흐림 현상은 현미경의 Point Spread Function (PSF) 에 의해 표본의 상이 뭉침으로써 일어나게 되는데 흐림 현상을 반복적으로 Deconvolution 과정을 통하여 제거하면 얻어진 상은 명확해지고 정량화 할 수도 있게 된다